在食品的生产和加工过程当中，遭受污染的可能性是很大的，正因为如此，怎样才能防止食品被污染就成为了重要课题。霉菌作为为微污染源中的一种，如果不加以控制势必会直接影响到产品保质期（长短）。应如何控制霉菌污染？首先要了解霉菌的生长环境、污染食品的条件。在此基础上，方可以提出合理的防控措施，提高食品卫生质量。
1、食品厂净化车间的温湿度控制
温、湿度起到的影响是非常大的，所以对于生产车间内温度以及湿度的控制就尤为重要，温度应该在24度以下，湿度在55％以下，因为过高的温湿度会促进霉菌的生长。必要时应装设有效的换气设施，班中每2小时用风机及时将含有大量水分的空气排出车间，以防止室内温度过高、蒸汽凝结或异味等发生。
2、食品厂净化车间的化学处理
使用酒精喷雾进行消毒也是生产食品的时候经常使用的一种防污染方法，每天上班之前、下班以后对车间内部墙壁、风机、下水道、案面、手部、围裙套袖、墙壁、下水道实施75%的酒精或消毒剂喷洒，杀灭霉菌。对于食品厂净化车间的天花板、壁面与地板等， 为防止霉菌污染， 应采用防腐蚀、抗霉菌与防止结露的施工及材料。
3、食品厂净化车间紫外线照射或臭氧处理
工作人员的服装还有更衣室等，都必须保持干净、清洁，一定要定期进行清洗以及进行紫外线或臭氧杀菌30分钟以上，防止人为造成霉菌的交叉污染（不可在有人情况下杀菌）。紫外线对霉菌孢子的杀菌效果有限时，可适当配合酒精喷雾等方法进行处理。
4、洁净室系统
在食品生产过程中会有一个加热之后放冷然后再进行包装的阶段，这个时候是最需要防止外部浮游菌侵入和落菌的污染的。所以应该设置洁净室，利用空气导入设施，将可达到空气洁净化，减少污染的目的。
平时一定要保证食品厂净化车间内部的卫生情况，必须定期对卫生死角展开严格的卫生清理和保持（每半月实施一次深度清洁）。中标净化认为管理者与操作人员应具有卫生观念，随时注意操作的卫生与减少污染的可能性 , 必须从加强员工卫生教育着手。
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