正由于存在主观认识上的误区，在污染控制过程中的洁净技术应用不利，最终出现了有的药厂投入巨资改造后，药品质量并未明显提高。制药厂车间净化工程的设计、施工、厂房内设备设施的制造、安装，生产用原辅物料、包装材料质量、人净物净设施控制程序执行不利等都会影响产品质量。
制药厂车间净化工程施工方面影响产品质量的原因是过程控制环节有问题，在安装施工过程中留有隐患，有如下具体表现：
①净化空调系统风道内壁不干净、连接不严密、漏风率过大；
②彩钢板围护结构不严密，洁净室与技术夹层(吊顶)的密封措施不当、密闭门不密闭；
③装饰型材及工艺管线在洁净室形成了死角、积尘；
④个别位置未按照设计要求施工，无法满足相关要求规定；
⑤所用密封胶质量不过关、易脱落、变质；
⑥回、排风彩钢板夹道相通，粉尘从排风到进入回风道；
⑦工艺纯化水、注射水等不锈钢卫生管道焊接时内壁焊缝未成型；
⑧风道止回阀动作失灵，空气倒灌造成污染；
⑨排水系统安装质量不过关、管架、附件易积尘；
⑩洁净室压差整定不合格，未能满足生产工艺要求；
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